For wilful transgression of the Laws of uncleanness in connection with the Temple and holy food thereof, the `inner` goat of the Day of Atonement together with the Day of Atonement itself bring forgiveness. For other transgressions of the Torah, light and grave, wilful and unconscious, known and unknown, positive and negative, those punishable by Kareth and those punishable by death imposed by the court for all these the Scapegoat brings atonement 

שבועות 1.6
ועל זדון טומאת מקדש וקודשיו, שעיר הנעשה בפנים ויום הכיפורים מכפר; ועל שאר עבירות שבתורה-- הקלות והחמורות, הזדונות והשגגות, הודע ולא הודע, עשה ולא תעשה, כרתות ומיתות בית דין-- שעיר המשתלח מכפר.

To Israelites, priests, and the anointed High Priest. What [then] is the difference between Israelites, priests, and the anointed High Priest? [none], save that the bullock brings atonement to the priests for transgressions of the Laws of uncleanness in connection with the Temple and holy food. R. Simeon says: just as the blood of the goat that is sprinkled within the veil brings atonement for Israelites, so the blood of the bullock brings atonement for priests; and just as the confession of sins pronounced over the Scapegoat brings atonement for Israelites, so the confession pronounced over the bullock brings atonement for priests.

שבועות 1.7
אחד ישראל, ואחד כוהנים, ואחד כוהן משיח׃ ומה בין ישראל לכוהנים לבין כוהן משיח׃ אלא שדם הפר מכפר על הכוהנים, על טומאת מקדש וקודשיו׃ רבי שמעון אומר, כשם שדם השעיר הנעשה בפנים מכפר על כל ישראל, כך דם הפר מכפר על הכוהנים; כשם שווידוייו של שעיר המשתלח, מכפר על ישראל-- כך וידוייו של פר, מכפר על הכוהנים.